前不久，北京市国税局某稽查局在对A企业（总机构）开展检查时发现，A企业存在如下问题：一是列支通讯费，扣除凭证不合规；二是列支员工商业保险费超标。因此，该稽查局对A企业作出调增2013年及2014年应纳税所得额，补缴税款并加收滞纳金的处理决定。

由于A企业是跨地区经营汇总纳税企业，按相关文件规定，A企业针对2013年度及2014年度补缴的税款，应在本机构所属地缴纳50%税款，剩余部分在各分支机构之所属地分摊缴纳。然而，在执行税款入库的过程中，企业提出：其在全国其他地区有20多个分支机构，有1个分支机构在2015年已经注销，有2个分支机构在2016年已经注销。那么，已注销的分支机构该如何补缴分摊的税款？

建议

上述案例中关于查补税款的分摊，适用的文件是《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》（国家税务总局公告2012年第57号），该文件第二十七条规定，总机构应将查补所得税款（包括滞纳金、罚款，下同）的50%按照本办法第十五条规定计算的分摊比例，分摊给各分支机构（不包括本办法第五条规定的分支机构）缴纳，各分支机构根据分摊查补税款就地办理缴库；50%分摊给总机构缴纳，其中25%就地办理缴库，25%就地全额缴入中央国库。汇总纳税企业缴纳查补所得税款时，总机构应向其所在地主管税务机关报送汇总纳税企业分支机构所得税分配表和总机构所在地主管税务机关出具的税务检查结论，各分支机构也应向其所在地主管税务机关报送经总机构所在地主管税务机关受理的汇总纳税企业分支机构所得税分配表和税务检查结论。

根据上述文件，A企业针对2013年度及2014年度补缴的税款，应在本机构所属地缴纳50%税款，剩余部分在A企业全国各分支机构所属地分摊缴纳。

但是，现实情况复杂多变，本案中，对以前存在但现在已经注销的分支机构分摊到的补缴税款应如何入库，规定不明确。在本案处理中，为保证国家税款不流失，经税企协商，决定将本应由已注销分支机构承担的税款，统一在总机构所属地缴纳入库。

笔者认为，上述处理只是权宜之计，虽然合理但是缺乏文件支撑。这样的案例并非个案，近几年来，税务总局稽查局每年均安排开展重点税源企业的税务检查，而且大部分是针对大型企业集团，而大型企业集团又是跨地区经营汇总纳税企业，因此这类案例逐步增多。笔者建议完善汇总纳税企业查补税款缴纳的规定，使税企双方在操作上于法有据。